C'est bon j'ai trouvé...
On peut modifier les paramètres de collision à tout moment.
Donc il suffit de changer les instances avec lesquelles on veut collisioner selon la vitesse du perso
Ex : 1 correspond au personnage, 3 aux murs normaux, 4 aux murs traversables de bas en haut.
if yvel < -1
ep_shape_set_collision(global.world,body,shape,1,3,1);
else
ep_shape_set_collision(global.world,body,shape,1,3|4,1);